Gincana, tarefa 03 - Fichamento 10

Delineamento de experimentos em genética genômica
ROSA, Guilherme Jordão de Magalhães. Delineamento de experimentos em genética genômica. R. Bras. Zootec. [online]. 2007, vol.36, suppl., pp. 211-218. ISSN 1806-9290.
“Genética genômica e  genômica quantitativa são termos utilizados para representar o estudo de processos genéticos controladores de caracteres fenotípicos de herança complexa, a partir da a n á l i s e   c o n j u n t a   d e   i n f o r m a ç ã o   relativa   a fenótipos, estruturas de parentesco, marcadores moleculares e expressão gênica (Jansen & Nap, 2001; Darvasi, 2003; Pomp  et al., 2004). Por exemplo, experimentos com  microarrays (ou microarranjos de DNA) têm sido utilizados para a avaliação dos padrões de expressão gênica em indivíduos com informação genotípica de marcadores moleculares.” (p.211)
“Este tipo de metodologia tem sido utilizado para a identificação de genes candidatos (Schadt et al., 2003; Bystrykh et al., 2005; Hubner et al., 2005), para o estudo de redes regulatórias (Brem et al., 2002; Schadt et al., 2003; Yvert et al., 2003) e, principalmente, para a identificação de regiões cromossômicas controladoras da expressão de múltiplos genes, denominadas como regiões  hot spots (Brem  et al., 2002; Schadt  et al., 2003; Morley et al., 2004; Bystrykh et al., 2005; Chesler et al., 2005; Hubner  et al., 2005). Estas regiões cromossômicas referem-se a fatores reguladores associados à transcrição de genes relacionados à determinadas funções as quais podem ser de interesse, por exemplo, para tratamento terapêutico genético (Cox, 2004; Schadt et al., 2003).” (p.212)
“O   p l a n e j a m e n t o   d e   e s t u d o s   d e   g e n é t i c a genômica envolve uma série de aspéctos. Da mesma maneira que qualquer outro estudo de mapeamento de QTL, estudos de genética genômica requerem, por exemplo, a escolha das raças o u   l i n h a g e n s ,   b e m   c o m o   a   e s t r a t é g i a   d e cruzamentos a ser utilizada, como retrocruzamento, F2, etc. Além disso, estudos de expressão gênica  envolvem também a escolha cuidadosa do(s) tecido(s) ou tipo(s) de célula(s), bem como o( s )   e s t ágio( s )  de  de s envolvimento  a   s e r em amostrados.” (p.212)
“Uma estratégia de fenotipagem seletiva foi proposta por Jin  et al. (2004), a qual utiliza informação de marcadores moleculares para a subamostragem de indivíduos com o objetivo de se maximizar a dissimilaridade genética na amostra selecionada, e consequentemente aumentar o poder de detecção de QTL. O procedimento  proposto por estes autores compara o genótipo dos marcadores de todos os indivíduos  disponíveis e genotipados, e utiliza um algoritmo de otimização para a seleção de uma sub-amostra de indivíduos a serem fenotipados, i.e., a serem amostrados para o   e x p e r i m e n t o   d e   e x p r e s s ã o   g ê n i c a   c o m microarrays. A medida de similaridade genética utilizada por Jin et al. (2004) refere-se ao número de alelos em comum entre dois indivíduos (0, 1ou 2), para cada um dos marcadores genéticos,sendo que a escolha dos indivíduos pode ser  baseada na informação de todos os marcadores disponíveis ou, alternativamente, se restringir a marcadores referentes a regiões cromossômicas previamente detectadas como importantes para as características fenotípicas de interesse.” (p.213)

“Nesta apresentação foram discutidas estratégias de fenotipagem seletiva baseadas somente em informação de marcadores moleculares ou de parentesco entre indivíduos. Alternativamente, a fenotipagem  seletiva  pode   também  envolver informação referente a valores fenotípicos para características correlacionadas (Medugorac & Soller, 2001), ou uma combinação de informação referente a fenótipo e marcadores moleculares (Wang & Nettleton, 2006), ou fenótipo e estruturas de família (Rosa  et al., 2006b; Cardoso  et al., 2007). As vantagens e desvantagens de cada método dependem dos objetivos do experimento em  q u e s t ã o ,   e   n a s   suposições   d o s  mo d e l o s estatísticos a serem utilizados na análise dos dados. Vale  ressaltar,   entretanto,  que  geralmente  o mecanismo de sub-amostragem utilizado deve ser considerado na análise dos dados observados.” (p.216)